Kostel má půdorys latinského kříže, hlavní loď je 5 metrů široká a 9 metrů dlouhá. Všechny klenby, charakteristické nízké placky, pocházejí z doby poslední velké přestavby v roce 1805. Na pravé straně je k presbytáři připojena sakristie a k předsíni točité schodiště vedoucí na kruchtu s varhanami. Na stavbě převládají malebné architektonické prvky baroka.
-
Farní kronika zaznamenala existenci několika dnes nedochovaných staveb přináležejících původnímu kostelu – kostnici, zvonici a předsíň kostela (tzv. sínec).
-
Protokol z vizitace bohnické farnosti pražským arcijáhnem Pavlem z Janovic z března 1380 uvádí, že ve farním kostele se nacházel jeden pozlacený stříbrný pohár, jeden starý misál, tři ornáty, jedna konvice atd.
Pro hlavní oltář sv. Petra a Pavla namaloval roce 1807 obrazy světců Josef Bergler. |Jeho dílem je i obraz nad vchodem do sakristie – Ukřižovaný.
-
Před rokem 1744 byl postaven na straně sakristie druhý oltář, zasvěcený Panně Marii. František Neffe, držitel vinice Lísek a “U třech králků”, a jeho žena Eleonora věnovali kostelu sošky Panny Marie Altottingské, dílo umělecky hodnotné, zachované v kostele dodnes včetně korunky a žezla.
-
V polovině 20. století prošel interiér bohnického kostela zásadní rekonstrukcí. Akademická malířka Vilma Vrbová-Kotrbová se svým manželem Františkem Kotrbou vytvořili nový působivý interiér harmonickým spojením starších a moderních uměleckých prvků výzdoby.
-
Třetí oltář sv. Kříže pod kazatelnou vytvořil František Kotrba s použitím starších plastik.
-
Jesličky vystavované ve vánočním čase vytvořila v letech 1953-1954 Vilma Vrbová-Kotrbová.
Během posledních oprav interiéru Karel Stádník zrestauroval řadu soch, po jeho smrti v roce 2011v započatých pracech na Mariánském oltáři a kazatelně pokračovali jeho synové.
Kostel sv. Petra a Pavla v Bohnicích byl pro svou kulturní a historickou hodnotu prohlášen kulturní památkou České republiky