Od zahájení provozu ústavu (r. 1909) byla podstatou léčby izolace pacienta „od nežádoucích rušivých vlivů a dodržování klidu na lůžku“. Těm, kterým odloučení naopak mohlo přivodit zhoršení stavu, sloužila až do první světové války opatrovnická „vesnička“, ve které vybraní pacienti pobývali s rodinami ošetřovatelů. První ředitel ústavu pro choromyslné dr. Jan Hraše neuznával omezovací prostředky typu svěrací kazajky, k jejich využívání docházelo jen výjimečně. Ke zklidnění sloužily především zábaly do studených prostěradel, kdy po určité době dochází k únavě a uvolnění svalstva. Z léků byla podávána narkotika, sedativa a především hypnotika. Rozšířenou součástí léčby byly pracovní zapojení pacientů a vodoléčba v lázních.
Léčba za první republiky
Mezi světovými válkami se bohnický ústav zaměřoval hlavně na zařazování nemocných podle diagnóz do jednotlivých pavilonů a na podávání hypnotik. Ke zklidnění sloužily teplé koupele a jako dříve studené zábaly, v akutních případech také svěrací kazajky a popruhy (kurty). Rozšířené byly izolace a síťové postele. Podle lékařských zpráv se léčba soustřeďovala hlavně na čerstvé a akutní případy. Například progresivní paralýza, schizofrenie a mánie se léčily naočkováním horečnatou malárií. U epilepsie byl podáván brom nebo bor, alkoholikům lékaři ordinovali lék apomorfin. Ve 30. letech se začala léčit schizofrenie uměle navozenými kómaty či inzulinovými šoky.
Léčba do roku 1960
Po rozvratu péče o nemocné za 2. světové války se v léčebně prosadily nové postupy. V červnu 1946 přibyla chirurgická léčba, kontroverzní prefrontální lobotomie (přerušení nervových spojů čelních laloků od ostatních částí mozku). Rozmach zaznamenala také léčba elektrickými šoky vyvolávající epileptické záchvaty. V léčebně se experimentovalo s transplantacemi placenty do kožní řasy či s léčbou spánkem. Zásadní byl v 50. letech nástup psychofarmak, díky kterým ubylo užívání některých omezovacích prostředků a charakter ústavu se začal měnit na léčebný. I přes komplikace způsobené záborem areálu armádou se průměrná ošetřovací doba snížila z 243 dnů (1950) na 183 o deset let později. Nastal také rozvoj nových léčebných aktivit jako skupinových terapií či arteterapie.
