Obliba vína stoupala mezi feudály i mezi měšťany. Velká rozloha vinic vyžadovala i velké množství námezdních pracovních sil a viniční čeleď tak představovala nezanedbatelnou složku pražské chudiny. Vinaři často bydleli v chatrčích a domcích na vinicích a velmi často nebyli katolíci. Velkou ranou byla třicetiletá válka, která de facto znamenala počátek konce pražských vinic. Zchudlé měšťanstvo nemohlo udržovat drobné viničky, často zcela zpustošené po několikerém obléhání Prahy, větší pozemkoví vlastníci ztráceli o pěstování zájem, protože se nevyplácelo. Navíc pobělohorské konfiskace způsobily odchod majitelů a půda zůstala neobdělávaná. Úbytek obyvatelstva zapříčinil nedostatek pracovní síly. Od 2. poloviny 17. století se na vinicích začínají sázet okrasné plody a zelenina, vinice jsou přeměňovány v pole, místo vína se prosazuje obilí. Do počátku 18. stol. klesl počet vinic na čtvrtinu proti předbělohorskému stavu. Roku 1783 při josefínských reformách byl zrušen úřad perkmistra a jeho práci zastali C.K. úředníci.