První doložená písemná zmínka o Čimicích je z roku 1334, kdy jsou Čimice zmiňovány jako majetek pražského probošta Držislava. Probošt vypočítává škody, které utrpěl na svém majetku „in villa Czyemitz”. Podle urbáře ze začátku 15. století zahrnuje majetek pražské kapituly v Čimicích poplužní dvůr, vinice, rybník, lesy a jednoho člověka (pravděpodobně správce). Unikátní je zmínka o rybníku již v době před velkým rozvojem rybníkářství v Čechách.
V době husitské byl církevní majetek zabaven měšťany z Nového města pražského, prameny pohusitského období zachycují časté žměny majitelů čimického dvora, jeho zpustnutí i obnovu. Až z poloviny 16. století pochází důležitý zápis, kterým byla potvrzena dědičná držba Čimic Janu Kelečskému z Kelče. Z této doby je první písemná zmínka o čimické tvrzi. Zmíněná novější tvrz zanikla asi v 17. století a nemáme o ní žádné archeologické poznatky, ani se ji nepodařilo s určitostí ztotožnit se žádnou stavbou, takže nevíme, kde přesně stála. Obě čimické tvrze si ponechávají svá tajemství.
V r. 1570 se majitelem Čimic stal rod Bryknerů z Brukštejna a s ním se ves stala nedílnou součástí libeňského panství. V r. 1662 prodal jeho poslední majitel hrabě Jan Hartvik Nostic libeňské panství Starému městu pražskému a to byla až do r. 1848 poslední čimická vrchnost.
Po reformách rakouské státní správy v r. 1850 vytvořily Čimice jednu politickou obec spolu s obcí Dolní a Horní Chabry.
Původně malá osada s historickým jádrem osídlení v okolí rybníka bez vlastní samosprávy se stala součástí Velké Prahy v r. 1960 a v souvislosti s následující socialistickou výstavbou byla v 70. a 80. letech zbourána historická zástavba starých Čimic a tak smazán i celkový ráz místní kulturní krajiny.