Věžový vodojem vysoký cca 45 m, jehož autorem je V. Roštlapil, byl napojený na čerpací stanici na Tříkrálce, která od roku 1907 dodávala užitkovou vodu z Vltavy více než 2 km dlouhým potrubím. Ve vodojemu fungovaly tři nádrže, největší ve vrchní části sloužila pro užitkovou vodu, pod ní byla nádrž na teplou vodu, nejníže nádrž pro potřeby ústředních lázní. Po připojení na veřejný vodovod v roce 1972 byla vodárna odstavena, v roce 1996 prošla fasáda věže rekonstrukcí. Pitnou vodu dodávaly ústavu tři studně u administrativní budovy a jedna v Čimicích, shromažďovala se v zemním vodojemu, odkud vedlo potrubí do centrální kuchyně a divadla. U ostatních pavilonů byly k dispozici ruční pumpy.
