Od 1. ledna 1961 začal v areálu působit Výzkumný ústav psychiatrický, který sídlil v pavilonech č. 19 a 23. Prvním ředitelem byl jmenován profesor Lubomír Hanzlíček a působil zde také psychiatr Stanislav Grof, který roku 1968 emigroval do USA. Právě on prováděl v Bohnicích experimenty s možností využití drogy LSD při léčbě, do kterých se v Československu zapojila řada známých osobností včetně zpěváka Karla Gotta. Na druhou stranu se léčebna, které státní orgány průběžně navyšovaly počty lůžek, potýkala od 60. let s trvalým nedostatkem personálu.
Léčba v 70. a 80. letech
Během 70. let vzrůstal počet pacientů, a to kvůli rostoucímu počtu obyvatel Prahy i nedostatku sociálních služeb. Zároveň přibývalo nemocných v důchodovém věku a pacientů závislých na alkoholu a návykových látkách. Materiální i personální zajištění léčebny přitom zůstávalo nedostatečné. Léčebna se snažila zmírňovat nedostatky podáváním modernějších psychofarmak a antidepresiv, která umožňovala další snižování průměrné ošetřovací doby. Pozvolna docházelo i k zvyšování počtu lékařů a psychologů a vytváření zázemí pro jejich práci. V roce 1981 vznikl primariát rehabilitace, který pod vedením Jana Cimického spojil fyzioterapii s centrální pracovní terapií či divadelními aktivitami. V roce 1986 byl přebudován původně infekční pavilon pro léčbu závislosti na alkoholu, ve stejném roce bylo v pavilonu 7 zřízeno samostatné sexuologické oddělení pod vedením Slavoje Brichcína. Koncem 80. let se z vily vedle administrativní budovy stal centrální příjem nemocných.