Po pádu komunistického režimu se zřizovatelem léčebny stalo ministerstvo zdravotnictví. Jako první v Česku zahájilo činnost roku 1991 bohnické Centrum krizové intervence (CKI), které poskytuje poradenství, ambulantní péči i krátkodobé hospitalizace. S návratem zemědělského hospodářství pod správu léčebny se rozběhla pracovní terapie na socioterapeutické farmě. Rozšířil se rehabilitační primariát, který pro své aktivity kromě Centrální terapie, kde funguje například keramická či šperkařská dílna, využívá i další pracoviště. V září 1991 se začaly v Divadle Za plotem konat pravidelná představení a přednášky, areál léčebny se více otevřel veřejnosti také pořádáním festivalů Mezi ploty a Babí léto. Na přelomu let 1999/2000 došlo k přerozdělení lůžek v léčebně tak, aby byla oddělena akutní léčba od následné péče podle diagnóz pacientů. Tomu odpovídá i rozdělení na stávajících 17 primariátů.
Nemocnice dnes
V roce 2013 se z psychiatrické léčebny stala Psychiatrická nemocnice Bohnice. Ve stejném roce byla v Česku schválena Strategie reformy psychiatrické péče. Cílem strategie je především přenést péči z velkých léčeben a nemocnic na komunitní úroveň. Reforma dále počítá s provázáním zdravotních i sociálních služeb či s rozšiřováním psychiatrických oddělení v běžných nemocnicích. Za podpory fondů EU běží od roku 2018 pilotní projekty Center duševního zdraví, která mají umožnit léčbu pacientů v domácím prostředí. V roce 2021 začala PN Bohnice v rámci reformy snižovat počty lůžek.