Impozantní secesní stavba od architekta Roštlapila začala vznikat v prosinci 1914. Hrubá stavba byla dokončena v roce 1916 a podíleli se na ní také váleční zajatci. O tři roky později se kostel dočkal svého vysvěcení. Na výzdobě kostela se podílela řada umělců: autorem hlavního oltáře a nástěnných fresek byl Jakub Obrovský, vstupní portál a výzdobu interiéru vytvořil Celda Klouček, z vnějšku nalezneme obrazy Jindřicha Hlavína z glazovaných dlaždic.
Věž zakončená měděnou bání dosahuje výšky 55 metrů a koncem 2. svět. války jí hrozilo zbourání. Nacisté se totiž obávali, že bude sloužit jako orientační bod pro spojenecké bombardéry, nakonec však od plánu ustoupili. Takové štěstí neměl interiér kostela, který byl zničen nebo převezen například do kostela sv. Vojtěcha v Libni. Od roku 1951 totiž kostel sv. Václava stejně jako část areálu ústavu obsadila armáda a později se z něj stalo skladiště. Po sametové revoluci započala obnova a kostel se dočkal nového interiéru. K opětovnému vysvěcení došlo v roce 1993.