V srpnu 2002 zatopila pražské metro povodeň, a to i přes uzavření tlakových staničních uzávěrů. Plně pod vodou bylo 8 stanic – Florenc B;C, Vltavská, Nádraží Holešovice, Křižíkova, Invalidovna, Palmovka, Malostranská a Staroměstská. Voda na povrchu dosáhla nadmořské výšky 190m, nejhlubší stanice Florenc B má nástupiště ve 150 m/nm. Do konce září trvalo odčerpávání vody z tunelů, zatopeny byly i dvě vlakové soupravy. Přes centrum byla dlouhodobě zavedena náhradní autobusová doprava – z Bohnic se jezdilo přímým autobusem až na stanici Pražského povstání. Opravy metra vyšly na 7 miliard korun.
V roce 2004 se hlavním přestupním uzlem mezi metrem a autobusy stala stanice Kobylisy.
