Třetihory

(před 66-2,6 mil.let)

Vlivem vyzvednutí kontinentu před více než 80 miliony let moře opět ustoupilo z území Prahy. Tentokrát nebyl tento proces provázen vrásněním. Pražská kotlina byla na konci třetihor (před 4-5 mil. let) mnohem mělčí a rozlehlejší. Navíc byla bez souvislých lesů a řeka v ní často měnila koryto. 

Tou řekou však byla Berounka, v té době hlavní česká řeka. Prahou protékala z jihu na sever a území dnešního města opouštěla v sedle mezi Ďáblickým a Čimickým hájem, v úrovni Kobyliské vozovny, a tekla dále na sever. Labe, v té době méně významná řeka, se vlévalo do Berounky o 200 m dále. Vltava byla v té době malou říčkou, která se vlévala do Berounky kousek od jejich dnešního soutoku. Vlivem zvedání evropské kontinentální desky se vodní poměry změnily. Vltava se stala mohutnější a začala si razit cestu od Šumavy skrz Prahu na sever.